Trung tâm của tổ hợp là nhà thờ Hiển dung (Transfiguration Church) gồm 22 mái vòm và một bức tường gỗ lớn với các bức chân dung tôn giáo. Nhà thờ này có chiều cao khoảng 37 mét, được làm hoàn toàn bằng gỗ, đây là một trong những công trình bằng gỗ cao nhất thế giới.

Điều thú vị là toàn bộ nhà thờ không sử dụng bất cứ chiếc đinh nào mà vẫn đứng vững trước mưa nắng, thời gian và mối mọt.

Nhà thờ Hiển dung được xây dựng vào tháng 6/1714, sau khi nhà thờ cũ bị sét thiêu cháy rụi. Cấu trúc chính của nhà thờ là những lõi gỗ thông tròn có đường kính khoảng 30cm và dài 3-5m. Các khúc gỗ xây dựng đã được vận chuyển tới từ đất liền, đây là công việc khá phức tạp ở thời điểm đó.

Có một truyền thuyết kể rằng, người thợ chính đã sử dụng một chiếc rìu để xây nên toàn bộ công trình. Sau khi hoàn thành, anh ném nó xuống sông và nói trước đây và sau này cũng sẽ không có công trình như vậy.

Theo truyền thống nghề mộc của Nga thời bấy giờ, Nhà thờ Hiển Dung không sử dụng một chiếc đinh nào. Toàn bộ công trình được thực hiện bằng cách lắp ghép tra mộng với lõi gỗ theo chiều ngang, lồng khớp vào nhau ở các góc.

Nhà thờ được bao phủ bởi 22 mái vòm có kích thước và hình dạng khác nhau trải dài từ đỉnh đến mặt hai bên. Mái nhà thờ được làm từ những tấm gỗ vân sam và phần vòm được phủ bởi cây dương lá rung. Thiết kế phức tạp này cũng cung cấp hệ thống thông gió hiệu quả để bảo vệ nhà thờ khỏi mục nát.

Nhờ thờ Hiển dung được xây để sử dụng vào mùa hè nên không có hệ thống sưởi, và mùa đông ở Nga cũng rất lạnh lẽo. Ở Nga, việc xây dựng các nhà thờ kép để sử dụng cho các mùa khác nhau (mùa đông và mùa hè) khá phổ biến.

Nằm liền kề trong quần thể Kizhi Pogost là nhà thờ Chuyển cầu (Church of the Intercession) với 9 mái vòm nằm ngang, được xây dựng năm 1764. Vào thế kỷ 19, hai nhà thờ được trang trí bằng tấm gỗ và một số bộ phận được bọc thép. Sau đó, công trình được khôi phục như thiết kế ban đầu vào thập niên 1950.